圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山(又名西山,满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑,后改名为圣保罗山),建于1521年,为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此,教堂前竖有圣芳济各神父塑像。1670年荷兰人占领马六甲后,将教堂用作城堡,今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年,荷兰人另建了一座教堂,而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地,现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。在教堂内有一墓穴,是1553年圣芳济各的临时墓地
这里每晚都举行声光晚会,20:30为马来语,22:00为英语。在斋月期间,每晚只有英语一场,于20:30举行。