吉木萨尔县扼居南北疆与东疆交汇地带,地处新疆最具发展活力和潜力的天山北坡经济带,东同奇台县为邻,西与阜康市接壤,北越卡拉麦里岭和富蕴县相连,南以博格达山分水岭同吐鲁番、乌鲁木齐二县为界。县城西距自治区首府乌鲁木齐市160公里,距昌吉回族自治州首府昌吉市206公里。全县总面积8848平方公里,下辖5乡4镇,206个行政村,境内有新疆生产建设兵团 农六师2个团场,有汉族、回族、哈萨克族、维吾尔族、蒙古族等13个民族,总人口13.2万人,其中少数民族人口占29%。